- Le contrôle de service fait : Tous les projets sont soumis à ce contrôle. Il porte sur l’intégralité des paiements effectués et vise à déterminer la réalité des paiements, les respects des obligations spécifiques (commande publique par exemple) ainsi que le lien de la dépense avec les activités prévues.
- Les contrôles d’opérations : Ils interviennent après le contrôle de premier niveau et portent sur un échantillon d’opérations sélectionnées annuellement. Ils sont de la responsabilité de l’autorité d’audit du programme, à savoir la CICC.
- Les autres contrôles : Des contrôles qualité, des contrôles internes ou encore des audits de la Commission européenne peuvent intervenir dans la mise en œuvre du programme. Ils portent davantage sur les instances de gestion (Secrétariat Conjoint, Autorité de gestion, autorité de certification…) que sur les partenaires du projet.
